La storia è ambienta nel 2138, quando ormai i giochi in realtà virtuale sono diventati la normalità . Yggdrasil, un popolare gioco online, un giorno viene silenziosamente disconnesso. Il protagonista Momonga decide però di non disconnettersi e viene trasformato nell'immagine di uno scheletro come "il mago più potente". Il mondo continua a cambiare, con i personaggi non giocabili che iniziano a provare emozioni. Non avendo parenti, amici e un posto nella società , il giovane Momonga inizia a lottare per guadagnarsi il suo posto in questo nuovo mondo che è diventato il videogioco.