La storia inizia l 11 aprile, giorno in cui si ritorna a scuola dopo le vacanze primaverili. Il liceale Shido Itsuka, protagonista della storia, viene svegliato da sua sorella Kotori e si alza convinto di affrontare un altra normale giornata. Lo shock però è grande quando scopre che la città in cui vive è stata devastata da una forte esplosione. La causa sembra essere la misteriosa ragazza che subito gli appare davanti, chiedendogli se è venuto anche lui per ucciderla. Shido inizia a chiamarla Tohka e scopre anche che s i tratta di un essere dalle origini sconosciute, in grado di distruggere l intera umanità, come già stava per accadere 30 anni prima. C è solo un modo per fermarla? uscire con lei! Kotori gli chiede di sacrificarsi per il bene dell intero pianeta, invitandola per un appuntamento e facendola innamorare.