Jiro Azuma è il discendente di un clan di shinobi, e oltre ad aver passato la vita a imparare tecniche ninja, è anche dotato dell'abilità di parlare con gli animali. Un giorno, salvando un misterioso gatto nero chiamato Rago, scopre che questo mondo è pieno di spiriti misteriosi chiamati mononoke, che possono prendere le sembianze sia di persone che di animali. Presto, i due verranno attaccati da un mononoke ostile, a caccia del grande potere di Rago.