Ritsuka e Mash, questa volta, dovranno tornare indietro nel tempo fino al 2600 A.C e salvare l'umanità dall'estinzione, minacciata da un Graal corrotto inviato dal malvagio Solomon in quell'epoca. I due faranno la conoscenza di Re Gilgamesh, sovrano di Uruk, che li aiuterà ad organizzare una strategia vincente. Durante il viaggio incontreranno molti nemici tra cui divinità babilonesi e centro-americane ma anche preziosi alleati come il famoso mago Merlino, Ushiwakamaru, Benkei e molti altri. Insieme formeranno una vera e propria squadra che cercherà di sconfiggere nemici via via sempre più potenti che mirano alla distruzione della Mesopotamia e dell'umanità intera.