La storia è ambientata nel 2015, in un mondo dov'è stata allestita l'organizzazione di sicurezza Chaldea per garantire la sopravvivenza dell'umanità . Grazie agli sforzi dei ricercatori, l'umanità si garantì la sopravvivenza per i successivi cento anni ma, all'improvviso, il futuro che Chaldea osservava sparì, sancendo l'estinzione del genere umano entro il 2017. La causa apparente dell'estinzione risiedeva in apparenza nella città di Fuyuki nel 2004: per indagare, scoprire e possibilmente distruggere la singolarità che avrebbe causato l'estinzione del genere umano, Chaldea allestisce una spedizione che sarebbe tornata indietro nel tempo a quell'anno.