Battōsai Himura è uno spietato assassino che a metà '800 contribuì alla fine dello Shogunato Tokugawa, sul trono da 200 anni, e all'avvento del periodo Meiji. In seguito all'insediamento del nuovo governo, Battōsai scompare per tornare in seguito sotto mentite spoglie, quelle dello spadaccino Kenshin. Durante i suoi viaggi Kenshin cercherà di proteggere quante più persone dalle ingiustizie subite e si ritroverà spesso coinvolto in combattimenti contro altri samurai che non apprezzano il nuovo stile di vita pacifico del paese (nella nuova era Meiji non è più permesso nemmeno a un samurai di portare la spada), fra colpi di scena e complotti per il restauro della vecchia società feudale.