la storia si incentra su Arata Miyako, un impiegato statale appena assunto assegnato al dipartimento "Relazioni Regionali Notturne" dell'ufficio della Prefettura di Shinjuku. Ognuna delle 23 Prefetture di Tokyo ha uno di questi dipartimenti, i quali sono adibiti alla risoluzione di eventi paranormali. Arata è l'unico in grado di capire il linguaggio "non umano" e quando incontrerà uno degli yōkai, al parco di Shinjuku Gyoen, lui lo chiama "Abe no Seimei", ovvero il nome di un famoso occultista giapponese.