Sono passati tre anni dalle avventure dei Digiprescelti, e Digiworld è, apparentemente, in pace. I nostri eroi sono praticamente tutti alle scuole medie, e una nuova generazione di protagonisti si affaccia all'orizzonte: Davis (Daisuke), Yolei (Miyako) e Cody (Iori). C'è infatti bisogno di loro: nel regno digitale è apparsa una nuova inaspettata minaccia chiamata Imperatore Digimon, un essere umano in grado di assoggettare le creature digitali e impedire la digievoluzione dei partner dei Digiprescelti. Per fronteggiarlo, sarà necessario trovare un nuovo modo per rafforzare i Digimon, e questo modo c'è: le digiuova, che permettono un nuovo tipo di trasformazione, la armor-digievoluzione.