Alternative ci narra le disavventure della 17enne Kana, una studentessa liceale che passa ogni momento con le sue migliori amiche: Mossan, Hijiri e Pets. Vivono delle vite impeccabili finché un Mecha piomba giù dal cielo insieme ad una strana donna "Haruko". I suoi piani per Kana e le sue amiche coinvolgono una forza conosciuta come ATOMSK. Kana rischierà ogni cosa per decidere se aiutarla o meno... anche se in realtà non ha nessuna scelta!