Negli oltre 50 anni dalla partenza della prima flotta di migrazione Mega Road l'umanità ha colonizzato molti pianeti, entrando in contatto con altre culture aliene e stabilendo una grande civiltà interstellare. La storia si svolge nell'anno 2067, otto anni dopo le vicende di Macross Frontier e 22 anni dopo Macross 7. Hayate Immelmann e Freyja Wion s'incontrano sul pianeta Al Shahal in circostanze ambigue. La ragazza gli racconta che è scappata di casa per partecipare all'audizione delle Walkure che si terrà sul pianeta Ragna. Peccato che sia giunta su Al Shahal'