Anno Domini 2199: secondo le previsioni, in un anno la razza umana sarà estinta. I bombardamenti nucleari dei misteriosi Gamilas hanno reso la superficie della terra inabitabile e i pochi sopravvissuti sono costretti a vivere in città sotterranee. I giovani ufficiali Susumu Kodai e Daisuke Shima ricevono un'inaspettata offerta di aiuto dal pianeta Iscandar. Colta l'opportunità, la corazzata spaziale Yamato partirà alla volta di questo universo sconosciuto per la salvare il genere umano. Riuscirà l'equipaggio a fare ritorno prima della conclusione del fatidico anno?