Kenji Kusanagi, uno scapestrato studente di scuola superiore appassionato di motociclette, si ritrova a dover difendere la Terra da una nuova invasione del popolo Yamatai, risvegliatosi insieme alla sua sovrana, la Regina Himika. Kenji si trasformerà così nel nuovo e potentissimo Shin Jeeg Robot d'acciaio per affrontare senza esitazione i temibili mostri Aniwa.