Sull’isola di Iwado vicino ad Okinawa un movimento politico locale reclama un governo autonomo. Lì vive Ao Fukai, un ragazzo di tredici anni che sta per entrare nella scuola media e vive con un vecchio dottore di nome Toshio, in quanto i genitori sono scomparsi molto tempo prima: la madre è stata portata via da degli uomini di provenienza ignota. Altro personaggio è Naru Arata, amica e coetanea di Ao, che vive con suo padre, sua sorella maggiore e sua nonna e possiede un “potere Yuta” risvegliatosi in lei da piccola dopo un incidente. Un’entità conosciuta come “Secret” attacca la forma di vita Scab Coral che è sull’isola. Ao, a bordo di un mezzo da trasporto dell’esercito giapponese, riesce ad attivare un’unità di protezione chiamata Nirvash.Non si conosce ancora come la trama si collegherà con quella della prima serie