Tratto dal manga 4-koma (manga a quattro vignette per pagina) di Kaduho, Kill Me Baby segue la storia di Sonya, un sicario che frequenta le superiori tra una missione e l'altra, e le vicende della sua impavida ma non troppo brillante amica Yasuna. Al duo si unirà Agiri, un ninja che fa capo all'organizzazione di Sonya.