L'umanità è stata costretta alla fuga dopo l'invasione di un'enorme macchina chiamata Weiss. Gli uomini, tuttavia, riescono a sviluppare un'arma micidiale in grado di contrastare il nemico: Alice Gear. Essa sarà utilizzata da alcune ragazze che fanno parte di "Aegis", un'organizzazione para-militare creata allo scopo di distruggere Weiss.