Un giorno, durante una passeggiata in bici, Clain vede una ragazza di nome Phryne che sta fuggendo da una ragazzina e due uomini; dopo averla e tratta in salvo, la invita a fermarsi per un po' a casa sua. Ma il giorno dopo la ragazza è scomparsa, lasciando solamente uno strano ciondolo. L'oggetto, attivandosi, produce un doppel femminile di nome Nessa; insieme a lei Clain si imbarcherà allora in un'avventura alla ricerca di Phryne e del mistero che si cela dietro il Fractale System.