Anno 2004: il leggendario mondo digitale noto come Digiworld si risveglia, queste sono le avventure dei Digiprescelti. Takuya, Koji, JP, Zoe e Tommy ricevono misteriosi messaggi telefonici che li invitano a prendere un treno particolare: questo mezzo li porterà a Digiworld, dove faranno la conoscenza di due Digimon, Bokomon e Neemon. I due accompagneranno i ragazzi nel loro viaggio, che si dimostrerà presto pericoloso: infatti, i nuovi Digiprescelti dovranno affrontare un esercito di Digimon malvagi determinati a dominare il mondo, ma se nelle serie precedenti gli eroi umani erano affiancati da partner digitali, in questa sono i ragazzi stessi a trasformarsi in Digimon per combattere.