Recentemente si stanno verificando una serie di strani incidenti sulla terra e secondo il professor Kazuki, i colpevoli potrebbero essere gli Azariti, un gruppo di alieni stabilitisi sul nostro pianeta oltre 200000 mila anni fa all'epoca dei dinosauri. Per contrastare la loro invasione, il professore costruirà un enorme robot di nome Gakeen grazie alla scienza del magnetismo. Le persone destinate a pilotarlo saranno sua figlia Mai e un ragazzo esperto di Karate di nome Takeru. Il robot infatti, deve essere obbligatoriamente pilotato da due persone che ricoprono il ruolo Magneman Plus e Magneman Minus.