Il villaggio della Foglia è attaccato da alcuni ninja, armati di alianti meccanici alimentati a chakra, e subisce danni notevoli. I misteriosi assalitori si rivelano provenire dal Paese del Cielo, una nazione che si considera priva di alleanze militari: infatti, durante la seconda Grande Guerra ninja si mise contro gli altri cinque stati. Mentre il villaggio prepara una controffensiva, Naruto conosce un misterioso medico e il suo allievo, e Orochimaru affida un'importante missione a Sasuke...