Naruto e i suoi compagni sono incaricati di catturare un ninja traditore, tale Mukade, che sembra trovarsi a Rouran, una città nel deserto avente due torri imponenti. Mukade si trova proprio lì, in quanto tra le rovine di Rouran c'è il flusso di un antico chakra che gli permette di viaggiare nel tempo, e quindi di render succube i Paesi delle Cinque Nazioni Ninja. Il piano non va come previsto. Naruto e Yamato viaggiano venti anni addietro, Mukade ventisei, mentre Sakura e Sai rimangono nel presente. Mukade diviene Primo Ministro di Rouran dopo aver schiavizzato il popolo e ucciso la madre di Sara, proprio mentre sei anni dopo, Naruto intende proteggere la ragazza. Questa vicenda del passato è tutta da risolversi, e la responsabilità è nelle mani del nostro giovane protagonista.