Alle soglie del XXI secolo, l'umanità è minacciata dai Meganoidi, dei cyborg iper tecnologici provenienti da Marte, che hanno come obbiettivo quello di schiavizzare la razza umana. Al loro comando ci sono Don Zauker, un inquietante robot dalla struttura primitiva e con un cervello umanoide in bella vista, e la spietata Koros, sacerdotessa e capo supremo dei Meganoidi. A conoscenza dei piani di questi ultimi è Haran Banjo, che li contrasta pilotando Daitarn 3, un gigantesco robot alto 120 metri. Al suo fianco ci sono il maggiordomo tuttofare Garrison Tokida, la bionda mozzafiato Beauty Tachibana, l'ex agente dell’interpol Reika Sanjo e il il piccolo orfano Toppy.