Due anni dopo la fine della guerra tra l'Unione Terrestre e la Federazione di Giove alcune basi dell'Hisago Plan sono colpite da atti terroristici. La Nadesico B, comandata ora da Ruri Hoshino, viene mandata ad investigare. La situazione è più complessa del previsto, visto che il nemico sono gli Eredi della Civiltà di Marte. A motivare ancor più l’equipaggio vi sarà la scoperta che Yurika, ritenuta morta a seguito dell’esplosione dello shuttle che lei e Akito avevano preso per recarsi in luna di miele, è in realtà ancora viva, sebbene incosciente e usata per innescare il Boson Jump senza l'uso dei Tulipani. Viene pertanto radunato il vecchio equipaggio della Nadesico. Le sorprese tuttavia non sono finite: un altro personaggio, ritenuto morto, farà ben presto la sua comparsa, sebbene ben diverso da come ce lo ricordavamo…