Nel 2015, quindici anni dopo un cataclisma globale, noto come Second Impact, Ikari Shinji viene convocato nella città di Tokyo-3 dal padre, estraneo, Gendou, il comandante supremo della NERV. Mentre si aggira per la città, viene coinvolto nel fuoco incrociato tra le forze ONU e il Quarto Angelo, il tenente colonnello Katsuragi Misato salva Shinji e lo porta al quartier generale della NERV. Gendou quindi costringe Shinji a pilotare Evangelion Unit-01, un grande mecha, contro l'Angelo. Shinji, inizialmente, declina, ma poi è costretto ad accettare quando, Gendou, minaccia di inviare in battaglia Ayanami Rei, una pilota, Evangelion, troppo ferita per farlo. Così ha inizio la nuova vita di Shinj.