A causa di una battaglia della Federazione di Polar, avvenuta ai confini del sistema solare (mostrata nei primi episodi della serie), un ordigno nucleare alla deriva finisce sul Sole, aumentandone la fusione nucleare e le sue dimensioni e rendendo la superficie della Terra nuovamente inabitabile a causa dell'aumento del calore solare. L'equipaggio della Yamato, quindi, parte alla ricerca di un nuovo pianeta che possa accogliere i terrestri.