Nell'anno 2201 la Terra è in pace. Una nuova classe di astronavi, denominate Andromeda, sostituisce le vecchie navi e la Yamato viene mestamente destinata allo smantellamento. Ma un giorno, una voce femminile aliena avverte i terrestri dell'esistenza di una gigantesca cometa bianca che minaccia il loro pianeta. Ancora una volta, sarà la Yamato a dover difendere la Terra da una nuova minaccia: l'Impero della Cometa.