Death è un lungo montaggio di spezzoni della serie originale, atto a riassumerne i contenuti principali, psicologici e pratici. Vi sono alcune aggiunte e l'ordine della ricostruzione non è cronologico, piuttosto è incentrato sui singoli personaggi, così da sviluppare la storia di ogni protagonista in modo da delinearne le caratteristiche principali, e attraverso di loro riproporre i tratti salienti delle battaglie contro gli angeli, soprattutto quelle che hanno segnato una qualche svolta nel carattere di coloro che ne erano coinvolti. Il film non è altro che l'inizio del film Neon Genesis Evangelion: The end of Evangelion e sviluppa gli avvenimenti immediatamente successivi alla morte dell'ultimo angelo. In questa parte ritroviamo la base NERV ancora in stato di allerta di primo grado, ovvero sotto minaccia di attacco, ma i funzionari non ne capiscono il motivo dato che l'ultimo angelo già è stato abbattuto. La risposta arriva prima del previsto ovvero quando la Seele organizza un attacco in forze della base.