Shinji si risveglia dopo 14 anni a bordo della navicella AAA Wunder appartenente a un’organizzazione anti-NERV fondata da ex NERV. Shinji sente la voce di Rei provenire da EVA Mark-9, inviata per salvarlo, così lascia la Wunder e va alla NERV. Kaworu Nagisa mostra a Shinji il mondo trasformato, rivelandogli che il salvataggio di Rei ha scatenato il Near Third Impact, danneggiando la Terra.