Gli eventi di questa storia si collocano nell'Universal Century, precisamente dopo i fatti accaduti nel lungometraggio "Char's counterattack" e nel finale di "ZZ Gundam". Il misterioso leader di Neo Zeon, Full Frontal, dà il via ad un nuovo conflitto con la federazione terrestre per rivendicare l'indipendenza degli spazionoidi. protagonista è Banagher Links, che si ritroverà a bordo del Gundam Unicorn, un misterioso prototipo mecha che sembra essere la chiave del cosiddetto "Scrigno di Laplace", un oggetto in grado di ribaltare le sorti della guerra.