Dopo la sconfitta del Dr. Hell (Mazinger Z), la vita sulla Terra è minacciata dall'Imperatore delle Tenebre e dai suoi sette generali che controllano i mostri dell'Impero Miceneo. Questi mostri conosciuti con il nome di Mikenes, sono sopravvissuti vivendo sottoterra, grazie all'unione dei loro sistemi organici con corpi meccanici. Per impedire a questi mostri di conquistare il pianeta, c'è il Grande Mazinger, un potente robot costruito dal Dr. Kabuto Kenzou, figlio dell'inventore della lega metallica Super Alloy Z e creatore di Mazinger Z. Il Grande Mazinger è pilotato da Tsurugi Tetsuya, un orfano cresciuto dallo stesso Dr. Kabuto addestrato sin dalla nascita per combattere a bordo del robot. La guerra contro l'Imperatore delle Tenebre è molto dura e sembra non finire mai.