Dopo la cattura per il tentato omicidio del Quarto Raikage, ed in concomitanza con l'assassinio di due jonin rispettivamente del Villaggio della Nuvola e della Roccia, Naruto viene rinchiuso nella prigione di Hozukijou, meglio nota come la "prigione insanguinata" del Villaggio dell'Erba. Mui, il padrone del castello, usa una tecnica di sigillo per rubare ai prigionieri i loro poteri. Qui comincia la battaglia per svelare la verità dietro i misteriosi omicidi e provare l'innocenza di Naruto.