Naruto è un orfano: i suoi genitori sono scomparsi durante l'attacco di un demone, la Volpe a Nove Code, nel tentativo di confinarla nel figlio. Quest'attacco fu orchestrato da un cospiratore mascherato, di nome Tobi, capace di grandissime abilità illusorie. Sedici anni dopo l'attacco, Naruto e Sakura combattono contro Tobi, ma le sue illusioni spediscono i due in un universo alternativo in cui i genitori di Naruto sono vivi e Sakura è orfana, e molti dei loro amici hanno caratteri diametralmente opposti rispetto alla loro realtà.