L'e-Pulse, generato dai pensieri e dalle emozioni umane, veniva utilizzato come fonte di energia per il dispositivo di supporto AI chiamato "Sapotama". Ma dalle ombre di questo straordinario sviluppo emersero mostri terrificanti. I Digimon sono esseri viventi che evolvono consumando e-Pulse. Tomorou Tenma viene trascinato in un'esperienza straordinaria dopo l'incontro con Gekkomon, comparso improvvisamente dal suo Sapotama. Vivendo insieme a Kyou Sawashiro e agli altri membri della squadra di cacciatori di taglie "Golden Dawn", Tomorou rinnova la sua determinazione. Quale nuovo futuro sarà forgiato da esseri umani e Digimon?