Il 20 settembre 2000 un violento cataclisma colpisce l'Antartide, causando il completo scioglimento della calotta australe e una variazione di inclinazione nell'asse terrestre. I successivi cambiamenti climatici, l'innalzamento del livello del mare e lo scatenarsi di conflitti globali per aggiudicarsi le poche risorse rimanenti, portano alla morte di circa tre miliardi di persone.Questo evento verra' poi denominato "Second Impact".Nel 2015 i mutamenti climatici sulla Terra ad opera del Second Impact si sono ormai stabilizzati e l'umanità si è adattata a questa nuova vita, tuttavia, cominciano ad apparire strani e giganteschi esseri (gli Angeli) che attaccano la popolazione. La Nerv, oraganizzazione militare, ha avanzato i propri studi ed esperimenti producendo tre unità Evangelion : enormi mecha umanoidi che dovranno difendere il mondo dagli Angeli. Il quattordicenne Shinji Ikari, dopo aver trascorso dieci anni senza vedere suo padre Gend' (direttore della nerv), si reca a Neo Tokyo-3 per incontrarlo, essendo stato scelto come pilota dell'Eva 01...